중소기업확인서 자료제출 예외: 창업·원천세 신고 여부로 발급경로 고르기

중소기업확인서 자료제출 예외는 2026년 안내의 창업연도와 세무신고 유형으로 고른다. 2025·2026년 창업기업, 또는 최근 3개년 연속 간편장부 대상이면서 원천세 미신고 대상인 기업은 유형1에 해당한다.

자료제출 예외를 고를 때는 현재 직원 수보다 창업연도와 세무신고 유형을 먼저 확인해야 한다.

유형1은 제출서류 없이 신청서 작성으로 진행한다. 간편장부 대상이어도 원천세 신고기업이면 유형2의 자료제출이 필요하다. 합병·분할기업이나 관계기업 보유기업은 해당 별도 유형부터 확인한다.

1. 창업연도와 신고유형으로 경로 고르기

중소기업확인서는 영리기업 또는 비영리 사회적기업에 적용하며 규모기준과 독립성기준을 함께 충족해야 한다. 자료제출 예외는 필요한 자료의 차이이므로 신청기업의 기본정보와 규모 판단에 필요한 항목은 입력한다.

최근 3개년은 2023·2024·2025년을 뜻한다. 올해만 간편장부로 신고했거나 직원이 지금 없다는 사실만으로 유형1을 선택하지 않는다.

예를 들어 2022년에 개업한 개인사업자가 3개년 연속 간편장부 대상이고 원천세 미신고 대상이라면 유형1을 확인한다. 같은 조건에서 원천세 신고기업이면 유형2로 이동한다.

재무제표가 있는 원천세 미신고 대상기업은 유형3이다. 법인은 최근 3개년 법인세 신고자료, 개인은 최근 3개년 종합소득세와 부가가치세 관련 자료 등 해당 목록을 확인한다.

2. 제출할 자료와 인증수단 준비하기

유형2는 2025년 원천세 자료를 제출한 뒤 1~12월의 월별 내역과 근로자 인원을 조회한다.

사업기간이 1~12월이 아닌 기업은 최근 결산한 사업기간에 맞춰 조회한다. 전자신고 파일로 보낼 때는 월별 파일 이름을 다르게 하고 2025년 2월 작성된 원천세 연말정산 신고분은 제외한다.

상시근로자 20명 이상인 기업은 안내문의 원천세 제출 선택 규정을 확인한다. 제출하지 않고 해당 항목을 선택하면 인원은 20명으로 일괄 반영되므로 실제 상황과 해당 조건을 먼저 대조한다.

유형1은 자료제출 단계를 건너뛰고 신청서를 작성한다. 창업기업 표시는 자동 체크 여부를 확인하고, 간편장부·원천세 제출 불가능 항목은 자기 기업에 맞는 해당 여부를 입력한다.

3. 제출자료 조회 후 신청서 제출하기

온라인 제출기업은 ‘제출자료 조회’에서 전송 결과를 확인한 다음 ‘신청서 작성’으로 이동한다.

유형2는 ‘원천징수_전자신고(개인, 법인)’를 선택해 검색한다. 월별 내역이 빠졌다면 전송을 보완하고, 정상 제출이 되지 않는 자료는 관할 지방중소벤처기업청의 우편 제출 경로로 처리한다.

메인 화면의 STEP 02 ‘제출자료 조회’와 STEP 03 ‘신청서 작성’을 순서대로 사용한다. 유형1은 STEP 03부터 진행한다.

기본정보 저장 후 주요 재무정보, 주주·출자정보, 경쟁입찰 참여제한 여부, 상시근로자 현황을 입력한다. 마지막 신청자 정보 화면에서 ‘신청서 제출’까지 마친다.

‘자료제출 확인요청’ 오류는 제출자료 조회에서 완료 여부를 확인한 뒤 신청서를 다시 제출해 해결한다.

원천세 수정신고·기한후신고 자료가 온라인으로 전송되지 않으면 오프라인 제출을 준비한다. 유형2의 목록은 사업자등록증, 2025년 원천세 자료, 최근 3개년 부가가치세 과세표준증명원, 담당자 연락처다.

면세사업자는 해당 수입금액증명을 확인한다. 서류에는 직인, 사본에는 원본대조필을 날인하며 수정신고분은 직전 3개년 중 가장 최근 연도 자료만 제출 가능하다.

오프라인 자료는 ‘제출자료 조회’에 표시되지 않는다. 본점 주소지 관할청에 신청서 제출과 등기우편 접수 순서를 확인하고 처리 상태를 문의한다. 안내문은 퀵·택배·방문 접수를 받지 않는다고 명시한다.

4. 소상공인 유예 검토가 뜨면 추가 확인

신청 후에는 ‘진행상황 확인’에서 완료·오류·소상공인 유예 관련 상태를 확인한다. 유예 검토 대상이면 해당 유형의 과거 규모 확인절차를 추가로 진행한다.

유형1의 유예 검토 대상은 ‘2단계 과거확인 필수사항 입력’을 저장하고 ‘3단계 새로고침’을 누른다. 창업기업은 안내문의 이 과거 규모 확인 대상에서 제외된다.

유형2의 유예 검토 대상은 2020~2024년 원천세 신고자료를 추가 온라인 제출하는 절차가 있다. 오프라인이면 2020~2025년 원천세와 2018~2025년 부가가치세 관련 자료 등 별도 목록을 따른다.

과거 자료제출, 필수사항 저장, 새로고침을 마친 뒤에도 규모가 확인되지 않으면 ‘오류확인’ 내용과 함께 관할청에 문의한다. 유형3 등 다른 유형의 추가 자료는 자기 유형의 안내 페이지로 대조한다.

소상공인 지위 유지 포기 신청은 제출 이후 철회할 수 없다.

유예를 적용받을지 현재 규모로 발급받을지는 필요한 지원사업의 조건까지 확인해 결정한다. 발급을 서두르기 위해 포기 항목을 임의로 선택하지 않는다.

5. 출력 문서의 정보·규모·기간 대조하기

완료 상태에서 ‘확인서 출력/수정’으로 이동해 문서를 선택하고 ‘국문확인서 출력’을 누른다. 크롬 인쇄 화면의 ‘대상’을 ‘PDF로 저장’으로 바꾸면 파일을 보관할 수 있다.

출력 전 기업명·사업자등록번호·기업규모·유효기간을 확인하고, 제출하려는 지원공고의 기준일과 요구하는 확인서 종류를 대조한다.

사업기간말일이 2025년 12월 31일인 안내 예시는 유효기간이 2026년 4월 1일~2027년 3월 31일이다. 결산월이 다른 법인이나 특수사례는 실제 발급 문서의 기간을 확인한다.

기업명·대표자명·주소·용도가 바뀌면 ‘확인서 수정’에서 변경하고 저장한다. 기업정보 변경은 변경된 사업자등록증을 안내된 수신처에 보내며, 용도만 변경할 때는 사업자등록증 송부가 필요하지 않다.

신청서 작성·법령·기업별 보완자료는 관할 지방중소벤처기업청에 문의한다. 온라인 자료제출 시스템 문제는 1811-6508, 일반상담은 1357에서 안내받는다. 우편 처리는 수일이 걸릴 수 있어 제출 마감 전에 준비한다.